ABSTRACT
Abstract Increasing urbanisation is widely associated with decline in biodiversity of all forms. The aim of the present study was to answer two questions: (i) Does rapid urbanization in Delhi (India) affect biodiversity of arbuscular mycorrhizal (AM) fungi? (ii) If so, how? We measured the AM fungal diversity at nine sites located in Delhi forests, which had different types of urban usage in terms of heavy vehicular traffic pollution, littering, defecation and recreational activities. The study revealed a significant decrease in AM fungal diversity (alpha diversity) and abundance measured as spore density, biovolume, mean infection percentage (MIP) in roots, soil hyphal length and easily extractable glomalin related soluble proteins (EE-GRSP) at polluted sites. Non-metric multidimensional scaling (NMDS) and nested PERMANOVA, revealed significant differences in AM fungal community structure which could be correlated with variations in soil moisture, temperature, pH, carbon, and nitrogen and phosphorus levels. BEST (biota and environmental matching) analysis of biological and environmental samples revealed that soil temperature and moisture accounted for 47.6 % of the total variations in the samples. The study demonstrated how different forms of human activities in urban ecosystems of Delhi are detrimental to the diversity and abundance of AM fungi.(AU)
Resumen El incremento en la urbanización está ampliamente asociado con una disminución de la biodiversidad de todas las formas. El objetivo del presente estudio fue responder dos preguntas: (i) ¿Afecta la urbanización rápida en Delhi (India) la biodiversidad de hongos micorrízicos arbusculares (MA)?, y (ii) si es así, ¿Cómo? Medimos la diversidad de hongos MA en nueve sitios ubicados en los bosques de Delhi, los cuales tenían diferentes tipos de uso urbano en términos de contaminación por alto tráfico vehicular, basura, defecación y actividades recreacionales. El estudio reveló una disminución significativa en la diversidad de hongos MA (diversidad alfa) y abundancia medida como densidad de esporas, biovolumen, porcentaje medio de infección (PMI) en raíces, longitud de las hifas del suelo y glomalina fácilmente extraible relacionada con proteínas solubles (EE-GRSP) en sitios contaminados. Análisis de escalamiento multidimensional no métrico (NMDS) y PERMANOVA anidados revelaron diferencias significativas en la estructura de hongos MA, que puede estar relacionada con la variación en humedad, temperatura, pH y niveles de carbono, nitrógeno y fósforo del suelo. El análisis BEST (biota y correspondencia ambiental) de muestras biológicas y ambientales mostró que la temperatura y humedad del suelo explican un 47.6 % del total de la variación en las muestras. Este estudio demostró cómo las diferentes actividades humanas en ecosistemas urbanos de Delhi son perjudiciales para la diversidad y abundancia de hongos MA.(AU)
Subject(s)
Urbanization , Man-Made Disasters , Biodiversity , Fungi , IndiaABSTRACT
El presente trabajo analiza el grado de diversidad genética utilizando 18 marcadores micro-satélites, de una muestra aleatoria de 79 variedades nominales de papa nativa (Solanum spp.) procedentes de cinco regiones políticas del Perú (Ayacucho, Cajamarca, Cusco, Huancavelica y Puno), cultivadas en "chacras" de agricultores que colaboraron con el proyecto "Conservación in situ de los cultivos nativos y sus parientes silvestres". De los 18 marcadores, 17 amplifica-ron un solo locus polimórfico, siendo el promedio de alelos por locus de 8.79. Se obtuvo una similitud media de 0.62 y rangos de agrupamiento que varíaron desde 0.41 a 0.98. Para los 19 loci registrados se obtuvo un total de 166 alelos. La región de Cuzco presentó el mayor número de alelos (130 alelos). De los 166 alelos caracterizados, 72 alelos (43.37%) fueron comunes o compartidos con las 5 regiones de colecta. La región de Puno presento el mayor numero de alelos exclusivos (8 alelos). Las 42 variedades nominales de S. tuberosum subsp. andigena tuvieron una diversidad promedio de 0.74 y las 18 variedades nominales de S. x chaucha una diversidad promedio de 0.70. Los valores de polimorfismo (PIC = 0.55 - 0.85) y los índices de diversidad genética obtenidos indicarían que los microsatélites evaluados logran identificar altos niveles de diversidad genética, pero a la vez no son suficientes para discriminar grupos diferenciados por procedencia o especies. Nuestros análisis indican que existe un alto grado de diversidad genética y corroboran los resultados obtenidos de los inventarios y caracterizaciones morfológicas realizadas in situ; también podemos concluir que existiría un pool de genes común que se encontrarían ampliamente distribuidos entre las regiones estudiadas.
This paper analyzes the genetic diversity of 79 accessions of native potato varieties (Sola-num spp.) using 18 microsatellite markers. A random sample from Ayacucho, Cajamarca, Cusco, Huancavelica and Puno from "chacras" of farmers who collaborated with the "In situ conservation of native crops and wild relatives" were used. 17 markers amplified one single polymorphic locus, the mean number of alleles per locus was 8.79. The mean similarity was 0.62 and clustering indexes varied between 0.41 and 0.98. 19 loci showed a total of 166 alle-les. Cuzco had the highest number of alleles (130 alleles). Of the 166 characterized alleles, 72 alleles (43.37%) were common or shared with 5 sampling sites. Puno had the highest number of exclusive alleles (8 alleles). The 42 varieties of S. tuberosum subsp. andigena showed a mean diversity of 0.74 and 18 varieties of S. x chaucha an average diversity of 0.70. Polymorphism (PIC = 0.55 to 0.85) and genetic diversity indices show that microsatellites evaluated can identify high levels of genetic diversity, but also are not sufficient to discriminate differentiated by origin or species groups. Our analyzes indicate a high genetic diversity and are consistent with inventories and morphological characterizations performed in situ, we can also conclude that there would be a common pool of genes would be found widely distributed among the regions studied.
ABSTRACT
Plant populations may experience local extinction and at the same time new populations may appear in nearby suitable locations. Species may also colonize the same site on multiple occasions. Here, we examined the impact of local extinction and recolonization on the genetic structure of wild populations of lima beans (Phaseolus lunatus) in the Central valley of Costa Rica. We compared genetic diversity from the samples taken from the populations before and after extinction at 13 locations using microsatellite markers. Locations were classified according to the occurrence of extinction episodes during the previous five years into three groups: 1) populations that experienced extinction for more than one year, and were later recolonized (recolonized), 2) populations that did not experience local extinction (control), and 3) populations that did not experience local extinction during the study, but were cut to experimentally simulate extinction (experimental). Our data did not show a clear tendency in variation in allele frequencies, expected heterozygosity, and effective number of alleles within and between groups of populations. However, we found that the level of genetic differentiation between samples collected at different times at the same location was different in the three groups of populations. Recolonized locations showed the highest level of genetic differentiation (mean Fst= 0.2769), followed by control locations (mean Fst= 0.0576) and experimental locations (mean Fst= 0.0189). Similar findings were observed for Neis genetic distance between samples (di,j= 0.1786, 0.0400, and 0.0037, respectively). Our results indicate that genetic change in lima beans depends on the duration and frequency of local extinction episodes. These findings also showed that control populations are not in equilibrium. Implications of these results for the establishment of conservation strategies of genetic resources of lima beans are discussed. Rev. Biol. Trop. 56 (3): 1023-1041. Epub 2008 September 30.
Las poblaciones de plantas pueden experimentar extinción local, y al mismo tiempo, pueden surgir a sus alrededores nuevas poblaciones. Algunas especies pueden colonizar el mismo sitio en múltiples ocasiones. Aquí examinamos el impacto de la extinción local y recolonización en la estructura genética de poblaciones silvestres del frijol lima (Phaseolus lunatus) en el valle Central de Costa Rica. Comparamos la diversidad genética de muestras tomadas en poblaciones, antes y después de la extinción, en 13 sitios, usando marcadores de microsatélite. Según los episodios de extinción durante los cinco años previos, clasificamos los sitios así: 1) poblaciones que han experimentado extinción por más de un año, y después han recolonizado (recolonizado), 2) poblaciones que no han experimentado extinción local (control), y 3) poblaciones que no han experimentado extinción local durante el estudio, pero fueron cortadas experimentalmente, simulando una extinción (experimental). Nuestros datos no mostraron una clara tendencia en la variación de las frecuencias alélicas, heterozigosidad, o número efectivo de alelos en y entre grupos de poblaciones. Los niveles de diferenciación genética entre muestras recolectadas en diferentes momentos en el mismo sitio fueron diferentes en los tres grupos de poblaciones. Los sitios recolonizados mostraron el mayor nivel de diferenciación genética (Fst = 0.2769), seguidos de los sitios control (Fst= 0.0576) y sitios experimentales (Fst= 0.0189). Obtuvimos resultados similares en la distancia genética Neis entre muestras (d i,j = 0.1786, 0.0400, y 0.0037, respectivamente). Los cambios genéticos en los frijoles lima dependen de la duración y frecuencia de los episodios de extinción local. Las poblaciones "control" no están en equilibrio. Las implicaciones de estos resultados para el establecimiento de estrategias de conservación de los recursos genéticos de habas se encuentran en discusión.